IC રિએક્ટરનું માળખું મોટી ઊંચાઈ વ્યાસના ગુણોત્તર દ્વારા વર્ગીકૃત થયેલ છે, સામાન્ય રીતે 4 -, 8 સુધી, અને રિએક્ટરની ઊંચાઈ 20 ડાબે મીટર જમણી તરફ પહોંચે છે.આખું રિએક્ટર પ્રથમ એનારોબિક પ્રતિક્રિયા ચેમ્બર અને બીજા એનારોબિક પ્રતિક્રિયા ચેમ્બરથી બનેલું છે.દરેક એનારોબિક પ્રતિક્રિયા ચેમ્બરની ટોચ પર એક ગેસ, ઘન અને પ્રવાહી ત્રણ-તબક્કાના વિભાજક સેટ કરવામાં આવે છે.પ્રથમ તબક્કો ત્રણ-તબક્કાના વિભાજક મુખ્યત્વે બાયોગેસ અને પાણીને અલગ કરે છે, બીજા તબક્કાના ત્રણ તબક્કાના વિભાજક મુખ્યત્વે કાદવ અને પાણીને અલગ કરે છે, અને પ્રભાવી અને રિફ્લક્સ કાદવ પ્રથમ એનારોબિક પ્રતિક્રિયા ચેમ્બરમાં મિશ્રિત થાય છે.પ્રથમ પ્રતિક્રિયા ચેમ્બરમાં કાર્બનિક પદાર્થોને દૂર કરવાની મહાન ક્ષમતા છે.બીજા એનારોબિક રિએક્શન ચેમ્બરમાં પ્રવેશતા ગંદાપાણીને ગંદાપાણીમાં બાકી રહેલા કાર્બનિક પદાર્થોને દૂર કરવા અને પ્રવાહની ગુણવત્તા સુધારવા માટે સારવાર કરવાનું ચાલુ રાખી શકાય છે.